Iz razstavljenih predmetov se je mogoče predstavljati, kako je Vatikan nekoč prek inkvizicije želel sistematično prevzeti nadzor nad mnogimi sferami javnega življenja, tudi takimi, ki z vero nimajo nobene povezave. Arhivi nekdanjega Svetega urada so bili dolga stoletja skrbno varovana skrivnost. Leta 1998 je Vatikan strokovnjakom prvič dovolil vpogled v dokumente, sedaj pa jih je predstavil tudi javnosti.
Med drugim si je mogoče ogledati tudi štiri stoletja star dokument s kar 1.611 navodili inkvizitorjem, kako naj kar najbolj učinkovito opravljajo svoje delo. Poleg tega so tudi ukazi o zasledovanju inkvizitorjev med opravljanjem njihovih nalog. Na ogled je tudi koledar iz leta 1708, ki prikazuje urnik verskih sodelavcev, ki so pomagali v rimskih bolnišnicah in kasneje ustanovili bolnišnico Svetega duha. Ta v Rimu deluje še danes.
Niso uničili vsega
Odredbe in odloki inkvizicije so bili natisnjeni na izredno trpežen material, ki so ga v
vatikanskih ustanovah izdelovali z recikliranjem tkanin. Mnogi dokumenti so bili kljub temu
uničeni, ko jih je zaplenila Napoleonova vojska. Francoska vlada je dokumente po padcu Napoleona
sicer v začetku 19. stoletja želela vrniti, vendar bi bili stroški transporta takrat ogromni. Iz
Rima je prišel ukaz, naj se številne dokumente zažge. Kljub vsemu so mnogi dokumenti o pomembnih
procesih, tudi proti Galileiu, imeli duplikate, ki so bili shranjeni v lokalnih cerkvah in drugih
institucijah.
Prav proces proti Galileu je eden najbolj znanih v obdobju inkvizicije. Ta je v spor s Cerkvijo prišel zaradi podpore ugotovitev Nikolaja Kopernika, da se Zemlja vrti okoli Sonca in ne obratno, kot so trdili v Vatikanu. Šele leta 1992 je takratni papež Janez Pavel II. proces proti Galieliu iz 17. stoletja označil kot napako.
