Borisa Popoviča sta aretacija in pripor v koprskem zaporu, ki je trajal, kot pravi, natančno "28 dni, 7 ur in pet minut", doletela v septembru 2003. Tožilstvo ga je obtožilo zlorabe uradnega položaja, utaje davkov, pranja denarja in tudi korupcije. "Tedaj sem izjavil, da bom postal predsednik slovenske vlade," nam je nedavno dejal Popovič, ki je vseskozi trdil, da gre za politično motiviran proces.
Šest mesecev po aretaciji je bilo k preiskovalnemu sodniku vabljenih 16 prič. Proces proti njemu se je končal po sedmih letih lanske jeseni, ko ga je koprsko okrožno sodišče obsodilo na enotno pogojno kazen eno leto ter deset mesecev zapora s preizkusno dobo dveh let. "Za Slovenijo je samo še eno upanje: revolucija," je po obsodbi komentiral Popovič. Tožilstvo, ki je zahtevalo tri leta in dva meseca zapora, mu je očitalo zlorabo položaja pri vodenju družinskih podjetij BPC in Food Party, prilastil naj bi si 177.668 evrov, zatajil 11 tisoč evrov davkov ter ponarejal poslovne listine. Pritožbo na sodbo sta napovedali obe strani.
Sodni postopek v isti zadevi proti njegovi ženi Evi in sestri Lauri Ban na koprskem okrožnem sodišču še teče.
Dobil odškodnino
Za pripor je Popovič prejel odškodnino, ki jo je po njegovih izjavah namenil v dobrodelne namene. Približno 4.100 evrov naj bi nakazal materi sedmih otrok, ki so trpeli nasilje (en otrok tudi spolno) s strani očeta na območju Ptuja. Tri tisoč evrov je nakazal Društvu za pomoč otrokom s presnovnimi motnjami, več kot 2.800 evrov pa skladu Ivana Krambergerja.
